• Stereopy是一個(gè)由BGI研究院研發(fā)的開(kāi)源的python工具包，其可用于空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的數(shù)據(jù)挖掘和數(shù)據(jù)可視化。Stereopy提供了一系列時(shí)空組學(xué)數(shù)據(jù)的分析功能 ，包括細(xì)胞聚類、空間基因表達(dá)模式、圖像分割等，以滿足不同的需求。同時(shí)，我們?nèi)栽谥铝τ谔岣咝阅芎陀?jì)算效率。

• 主要功能

1. 更加適用于Stereo-seq時(shí)空組學(xué)數(shù)據(jù)的下游分析；

2. 支持多種空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)格式的高效讀寫(xiě)(IO)、預(yù)處理和標(biāo)準(zhǔn)化；

3. 自主研發(fā)高斯平滑模型、組織和細(xì)胞分割算法模型及細(xì)胞修正算法；

用Stereopy高斯平滑模型繪制的艾倫腦中小鼠大腦冠狀面的熱圖

檢索來(lái)與自 Retrieved from https://mouse.brain-map.org/-experiment/show/71587929 

4. 整合降維、空間聚類、細(xì)胞聚類、空間表達(dá)模式分析等各種功能；

5. 基于Stereo-seq工作流的特性開(kāi)發(fā)了交互式可視化功能。

Stereopy交互可視化界面

Stereopy流程圖

工作流程圖